Po zwycięstwie wyborczym labourzystów w 1997 r. (podczas których startowała z nowo utworzonego okręgu Camberwell and Peckham) stanęła na czele resortu zabezpieczenia socjalnego. Znalazła się jednak pod ostrzałem krytyki ze strony części partyjnych kolegów i mediów, które uważały ją za przykład partyjnego aparatczyka wysłanego na wysokie stanowisko bez wystarczającego przygotowania. Ostatecznie straciła stanowisko w 1998 r. i znalazła poza partyjną elitą. Po wyborach w 2001 r. odbudowała nieco swoją pozycję i, jako pierwsza kobieta w historii, objęła urząd Radcy Generalnego Anglii i Walii.
Po kolejnych wyborach, w 2005 r., została ministrem stanu w departamencie spraw konstytucyjnych odpowiedzialnym za reformy konstytucyjne i procedurę sądową. W tym czasie uzyskała tytuł radcy królowej. 9 maja 2007 r. ministerstwo spraw konstytucyjnych zmieniło nazwę na ministerstwo sprawiedliwości, ale Harman pozostała na swoim dotychczasowym stanowisku.