Układ peronów (od wschodu): 2 perony wyspowe (4 krawędzie peronowe) dla pociągów Shinkansen; 7 peronów wyspowych (14 krawędzi peronowych) dla pociągów wąskotorowych. Dworzec kolei Keihin Kyūkō znajduje się bezpośrednio na zachód od kompleksu JR. Perony znajdują się na poziomie +1 (dwa tory przelotowe, jeden tor ślepy).
Integracja z transportem lokalnym Rolę transportu lokalnego spełniają niektóre linie JR: Yamanote-sen i Keihin-Tōhoku-sen oraz kolej prywatna Keikyū, która jest podłączona do linii metra 都営浅草 Toei-Asakusa. Na dworcu Keikyū, oprócz pociągów własnych, zatrzymują się także pociągi metra oraz wszystkich kolei współpracujących z linią Asakusa. Mimo to, w porównaniu z innymi dworcami tokijskimi, Shinagawa jest stosunkowo słabo powiązana z siecią kolei miejskich. Wynika to z faktu stosunkowo późnego nadania dworcowi charakteru stacji kolei dalekobieżnych.