Rys historyczny Dworzec Shinagawa jest najnowszym dużym dworcem dalekobieżnym na terenie Tokio. W pierwotnej formie powstał już w 1872 r. na trasie pierwszej linii kolejowej w Japonii, łączącej dzielnicę Shimbashi w Tokio z Jokohamą (wówczas stacja Sakuragichō). W 1885, po ukończeniu linii obwodowej Yamanote na dworzec zaczęły wjeżdżać pociągi prywatnej 日本鉄道 Nippon Tetsudō, łączącej dworzec Ueno z północą kraju. W 1914 r. ruch podmiejski na linii Tōkaidō zelektryfikowano. Kolej Tōkaidō Shinkansen, otwarta w 1964, nie miała przystanku w Shinagawa. Otwarto go dopiero po przebudowie trasy w 2003 r., kiedy ukończono też przebudowę dworca. Położona na wschód od peronów grupa torów stacji towarowej została rozebrana w końcu XX wieku. Teren został przeznaczony pod zabudowę wysoką.
W 1933 kolej dojazdowa 京浜電気鉄道 Keihin Denki Tetsudō, poprzedniczka Keikyū, urządziła stację końcową na obecnym miejscu. W 1968 stację przebudowano na przelotową i podłączono do linii metra Asakusa.
Charakterystyka ruchu Średnio w ciągu dnia kompleks dworców obsługuje ok. 880 tys. osób, z czego Keikyū ok.