palca dłoni, syndaktylia palców stóp), atrezje przewodu pokarmowego (zwłaszcza przełyku, także dwunastnicy), niewielkie cechy dysmorficzne twarzy (krótkie szpary powiekowe, „pełność” oczodołów). Zespół anoftalmiczno-przełykowo-genitalny (zespół Rogersa, AEG syndrome, OMIM#206900) – rzadki, ale dobrze udokumentowany zespół wad, obejmujący atrezję przełyku, anoftalmię i nieprawidłowości budowy narządów płciowych. Stwierdzono mutacje w genie SOX2 u pacjentów z tym zespołem. Zespół CHARGE (asocjacja CHARGE, OMIM#214800) – mimo że OA/TEF nie uwzględniono w akronimie oddającym najczęściej spotykane w tej asocjacji wady (koloboma, wady serca, atrezja nozdrzy tylnych, opóźniony wzrost, hipoplazja narządów płciowych zewnętrznych, anomalie uszne), malformacje tego typu spotyka się u około 10% pacjentów z rozpoznanym zespołem. U części pacjentów z zespołem CHARGE stwierdzono mutacje w genie CHD7.
Klasyfikacja thumb|Najczęstsze typy malformacji tchawiczo-przełykowych.