Jeszcze jako zawodnik GKS Bełchatów zadebiutował w reprezentacji Polski, 10 listopada 1998 w meczu ze Słowacją wygranym 3:1. W 1999 przeniósł się do 1. FC Nürnberg występującego w 2. Bundeslidze. Do drużyny narodowej powrócił na początku 2000, po objęciu funkcji selekcjonera przez Jerzego Engela, stając się wkrótce jednym z podstawowych zawodników drużyny, która wywalczyła awans w eliminacjach do Mistrzostw Świata w 2002.
W 2002 przyczynił się do awansu 1. FC Nürnberg do 1. Bundesligi, został uznany za najlepszego lewoskrzydłowego 2. Bundesligi, a z reprezentacją Polski pojechał na Mundial w Korei Południowej i Japonii. Na Mistrzostwach, pomimo nieudanego występu Polaków, był chwalonym piłkarzem, wystąpił we wszystkich trzech meczach polskiej kadry.
Z powodu kontuzji stracił większą część sezonu 2002/2003. Jesienią 2003 grał w decydujących meczach eliminacji Mistrzostw Europy. Reprezentacji Polski nie udało się jednak zdobyć awansu, zaś drużyna 1. FC Nürnberg nie zdołała utrzymać się w 1. Bundeslidze. Mimo to udało mu się zdobyć uznanie w Niemczech i w 2004 przeszedł do czołowej drużyny 1. Bundesligi – Bayeru 04 Leverkusen. W sezonie 2004/05 był uznawany za jednego z najlepszych piłkarzy klubu, a tercet Krzynówek – Woronin – Berbatow budził zainteresowanie wielu mocnych klubów Europy.