Drużyna Bayeru dobrze grała również w Lidze Mistrzów, gdzie wyeliminowała takie kluby jak Real Madryt i AS Roma, a polski zawodnik zdobył 3 bramki: przeciwko Realowi Madryt, AS Romie oraz FC Liverpool (zwycięzca Ligi Mistrzów w ówczesnym sezonie; z Jerzym Dudkiem w składzie). mały|250px|Mecz Polska–Albania w 2008 roku, przy piłce Jacek Krzynówek, na drugim planie widoczny m.in. Jakub Wawrzyniak. W eliminacjach do Mistrzostw Świata w Niemczech uczestniczył w najważniejszych meczach polskiej reprezentacji i przyczynił się do wywalczenia awansu do turnieju finałowego. Z powodu kolejnej kontuzji na wiosnę 2006 nie grał zbyt często w Bayerze. Odbiło się to na jego formie prezentowanej na mundialu w Niemczech. Po nieudanym sezonie 2005/06 przeszedł do VfL Wolfsburg, w którym udało mu się odbudować formę. Brał udział w kluczowych spotkaniach eliminacji Euro 2008, walnie przyczyniając się do historycznego awansu do Mistrzostw Europy (m.in. strzelił 3 bramki w obu meczach z Azerbejdżanem oraz wyrównującego gola w wyjazdowym meczu z Portugalią). Znalazł się w kadrze na sam turniej i zagrał we wszystkich trzech meczach grupowych reprezentacji Polski. Podobnie jak na dwóch mundialach, Polacy nie wyszli z grupy.