Reakcje II fazy Są to procesy sprzęgania samego leku, które zazwyczaj zachodzą przy udziale specyficznych transferaz, odróżnia się te, w których wysokoenergetyczne związki endogenne są wiązane z alkoholowymi lub fenolowymi grupami hydroksylowymi, grupami aminowymi, grupami sulfhydrylowymi i po części również grupami karboksylowymi, od tych, przy których po aktywacji ksenobiotyku następuje wiązanie z (nieaktywnym) związkiem endogennym (do tych ostatnich należy sprzęganie pewnych kwasów karboksylowych z aminokwasami).
Ważniejsze reakcje II fazy to sprzęganie z:
aktywowanym kwasem glukuronowym, aktywowanym siarczanem, aminokwasami (zwłaszcza z glicyną), oligopeptydami oraz tworzenie pochodnych kwasu merkapturowego, aktywowanym kwasem octowym, S-adenozylometioniną.