Z wyjątkiem sprzęgania z kwasem octowym lub procesów metylacji w reakcjach tych zostaje zawsze wprowadzona do cząsteczki grupa kwasowa, która w następstwie tworzenia soli zdecydowanie zwiększa hydrofilowość i co za tym idzie – rozpuszczalność. Kwaśne koniugaty są szybko – również z udziałem procesów czynnych – wydalane z moczem lub żółcią. Reakcje sprzęgania mają w związku z tym charakter dezaktywacji, tj. pozbawiania aktywności biologicznej, lub detoksykacji, ponieważ produkty sprzęgania są w większości nieczynne biologicznie. W ostatnich latach odkryto jednak wiele powstających w fazie II czynnych metabolitów. Należą do nich np. hemiester hydroksylowanego, oszczędzającego potas leku moczopędnego – triamterenu z kwasem siarkowym oraz C-17 glukuroniany estrogenu i androgenów. 6-glukuronian morfiny działa przeciwbólowo tak jak związek macierzysty. Z metabolitów II fazy mogą również powstać substancje czynne, które poprzez nieodwracalne wiązania ze związkami endogennymi wywołują działania toksyczne. W niektórych przypadkach związki sprzężone mogą ponadto ulegać hydrolizie do związków macierzystych. Sytuacja, którą przedstawiono wyżej, zdarza się często, kiedy sprzężone metabolity dostają się z żółcią do jelit.