Już w XV wieku był zupełnie zrujnowany, ogołocony ze wszystkiego i wymagał gruntownej restauracji. thumb|250px|left|Iluminacja Biskup Władysław Oporowski ogłosił zbiórkę na poratowanie kościoła Św. Witalisa, wyznaczając zarazem specjalny odpust dla ofiarodawców na ten cel. Nie wiadomo jednak, czy rzeczywiście dokonano wtedy zamierzonego remontu. Źródła podają, że około 100 lat później, w latach 1534–1544, kanonik Tobiasz Janikowski własnym kosztem wyremontował cały kościół i murowanym sklepieniem gotyckim zastąpił dotychczasowe drewniane. To murowane sklepienie zachowało się do dziś. Jest ono rodzajem sklepienia ożebrowanego, a snopy żeber spadają na obszerne wsporniki.
Erygowane w 1569 r. seminarium duchowne zajęło część zabudowań szpitalnych i kościół Św. Witalisa. Stał jednak osobno, w pewnej odległości od budynków seminaryjnych i był otoczony ogrodzonym cmentarzem. Po roku 1717 dobudowano od północnej strony prezbiterium niewielką zakrystię oraz przebudowano wieżyczkę na sygnaturkę.