W 1843 r. Pobudowano nowy pawilon seminaryjny, do którego włączono kościół Św. Witalisa. Wchodziło się teraz do niego bezpośrednio z korytarza seminaryjnego. Jednak w dalszym ciągu był otwarty także dla wiernych. Dopiero w 1866 r. przeszedł na wyłączny użytek seminarium (wierni zbierają się w nim jedynie na odpust Św. Witalisa, przypadający w drugą niedzielę maja i sporadycznie w innych okolicznościach).
W XIX i XX wieku kościół Św. Witalisa wielokrotnie remontowano, malowano, zmieniano jego wystrój wewnętrzny. thumb|200px|left W latach 1851–1853 był restaurowany pod kierunkiem prefekta seminarium, ks. Franciszka Płoszczyńskiego. Starą czworoboczną wieżę obito żelazną blachą, z pozostawieniem kopułki krytej blachą miedzianą, naprawiono od wewnątrz ściany i otynkowano je. W 1888 r. rozebrano zrujnowaną wieżę, a wystawiono nową, w stylu gotyckim, według projektu Konstantego Wojciechowskiego i pokryto ją blachą miedzianą. Kościół był malowany (polichromia) w latach: 1854, 1873, 1895. Ołtarze i obrazy w ołtarzach zmieniano bardzo często i trudno je wszystkie wymienić. Zazwyczaj był ołtarz główny i dwa boczne. W 1880 r. umieszczono w czterech oknach kolorowe witraże, które jednak w 1903 r. zastąpiono białym szkłem, prawdopodobnie dla uzyskania lepszego naturalnego oświetlenia kościoła.