W latach 1930–1934 kościół Św. Witalisa był znowu restaurowany. Zerwano tynki wewnętrzne i dano nowe; żebra, które w okresie baroku częściowo pościnano, zostały teraz uzupełnione i pozostawiono je w „żywej” cegle; zlikwidowano dawny chór muzyczny, a utworzono nowy z części korytarza seminaryjnego przyległego do kościoła; odsłonięto zatynkowane części z zewnątrz murów; w głównym ołtarzu umieszczono cenny gotycki tryptyk z około 1460 r. W 1936 r. zainstalowano nowe organy, wykonane przez włocławską firmę S. Truszczyńskiego, które są używane do dziś.
thumb|250px|right W czasie okupacji kościół został uznany za niemiecki i służył do odprawiania nabożeństw niedzielnych dla żołnierzy niemieckich, którzy przebywali w szpitalu wojennym urządzonym w gmachu seminaryjnym.
W latach 1971–1972 dokonano ostatniej gruntownej restauracji kościoła. Położono nowy dach ceramiczny, wymieniono zmurszałe cegły w murach, zrekonstruowano zewnętrzne elementy dekoracyjne. Dzięki tym zabiegom odzyskały dawną okazałość dwa gotyckie portale ceglane: jeden obramiający główne wejście do kościoła (z korytarza seminaryjnego) i drugi – zdobiący wejście boczne, w północnej jego ścianie. Otwory okienne zostały oszklone gomółkami.