W roku 1689 podupadł na zdrowiu, więc Indianie zabrali go – w celach leczniczych – w podróż w dół Amazonki. Po pokonaniu ponad 4600 kilometrów Fritz dotarł do ujścia wielkiej rzeki, osiągając portugalską osadę Pará 11 września 1689 roku. Podróżnik przybywający z zachodu, z terenów zajętych przez Hiszpanów, został uznany przez miejscowe władze za szpiega i uwięziony. W celi spędził dwa lata i uwolniony został na osobisty rozkaz królewski z Lizbony w lipcu 1691 roku i odstawiony do swej misji nad Rio Napo. W roku następnym wyruszył na południowy zachód, celem złożenia władzom hiszpańskim sprawozdania z podróży. Badając górny bieg Amazonki i jej dopływów Huallaga i Parapura dotarł do Cajamarki, a stamtąd do Limy.
W Limie złożył wicekrólowi Peru dokładną relację z podróży, informując jednocześnie o zapuszczaniu się wypraw portugalskich coraz dalej na zachód i penetrowaniu domen hiszpańskich gwarantowanych przez Traktat z Tordesillas z roku 1494. W roku 1693 wrócił do swych misji nad Rio Napo, skąd wyruszał na wyprawy wzdłuż amazońskich dopływów jak Pongo i Jaen, poznając nowe plemiona i eksplorując tereny zupełnie nieznane Europejczykom.