Postanowił uciec do Szwajcarii, aby zachować wolność wyznania. W Genewie został serdecznie przyjęty przez Kalwina i powierzono mu kierownictwo nad grupą włoskich protestantów. W Genewie napisał wiele dzieł teologicznych, propagujących reformację. Podróżował do Zurychu, Bazylei i Augsburga, gdzie spotkał się z Kasparem Schwenkfeldem i gdzie w 1545 został pastorem włoskiego zboru protestanckiego.
W 1546 w Ratyzbonie spotkał Franciszka Stankara, który przekonał go do przyjęcia unitarianizmu. Po zajęciu Augsburga przez katolickie wojska cesarskie, Ochino uciekł do Londynu, gdzie Thomas Cranmer powierzył mu stanowisko wraz z państwową pensją. Jednak już w 1553 Ochino ponownie musiał uciekać, wypędzony przez katolicką królową Marię. Osiadł w Genewie, którą musiał wkrótce opuścić ze względu na poglądy, sprzeczne z kalwinizmem. W 1555 został pastorem zboru włoskiego w Zurychu, skąd wkrótce został wygnany jako podejrzany o wyznawanie unitarianizmu. Próbował osiedlić się w Norymberdze, jednak i stąd go wypędzono.