Po wyborach funkcję premiera objął uległy wobec generała Mohammad Khan Junejo.
14 listopada 1985 przyjęta została ósma poprawka do konstytucji. Przyznała ona prezydentowi szerokie prerogatywy, m.in. uprawnienie do rozwiązania Zgromadzenia Narodowego według własnego uznania.
Pod koniec 1985 Zia zniósł stan wojenny. W 1986 do kraju powróciła też przywódczyni PPP Benazir Bhutto, która rozpoczęła kampanię na rzecz przeprowadzenia wolnych wyborów. Zdławiona w latach 1977–1979 opozycja zaczęła się odradzać, szczególnie w tych prowincjach, gdzie silne wpływy miała PPP. Zia zaczął tracić poparcie wśród elit i dowódców wojska. W tej sytuacji 29 maja 1988 prezydent odwołał rząd Junejo i rozwiązał Zgromadzenie Narodowe oraz zgromadzenia prowincjonalne, zapowiadając nowe wybory w terminie 90 dni.
Śmierć i pogrzeb mały|Grobowiec Muhammada Zii ul-Haqa mały|Nagrobek Zii ul-Haqa