Zdecydowanie dalej w swojej krytyce posunął się szwajcarski teolog protestancki i historyk chrześcijaństwa Philip Schaff. Uważał on, że pontyfikat Aleksandra VI był zaprzeczeniem słów Jezusa skierowanych do św. Piotra o charakterze instytucji papiestwa. Twierdził, że Borgia był „potworem” gorszym od papieży okresu pornokracji oraz papieży oskarżanych o herezję. Odnosząc się do rozważań Pastora, Schaff uznał, że Aleksander dał przykład najwyższej deprawacji.
Mecenat artystyczny Pomimo że Aleksander VI nie był takim mecenasem sztuki jak Sykstus IV, to chętnie korzystał z usług znanych artystów przy planach budowy kościołów. W kwestiach budowlanych Aleksander VI skupił swoją uwagę na Zatybrzu i tzw. „mieście Leona”, które zostały zmodernizowane. Odrestaurował ulicę Via Alessandrina i Zamek Świętego Anioła, a do jego udekorowania (a także do prywatnych apartamentów Borgiów) zatrudnił malarza Pinturicchiego. Ufortyfikował więzienie Torre di Nona i zrealizował plany architektoniczne Mikołaja V. Nakłonił Michała Anioła do przebudowy bazyliki św. Piotra. Przebudował swój dawny kościół tytularny S. Nicola in Carcere oraz SS. Apostoli;