Śmierć mały|Grób Aleksandra VI w Chiesa di Santa Maria in Monserrato degli Spagnoli Po powrocie z podróży 12 sierpnia 1503 Aleksander VI i jego syn Cezar zachorowali. Przez kilka dni obaj cierpieli z powodu nawracającej wysokiej gorączki z wymiotami. Podczas, gdy 18 sierpnia Cezar Borgia był już niemal zdrowy, jego ojciec zmarł. Papieski lekarz Scipio stwierdził, że śmierć nastąpiła na skutek ataku apopleksji. Zdaniem niektórych współczesnych mu historyków, takich jak Raffaello Maffei, Francesco Guicciardini czy Pietro Bembo, zarówno papież, jak i jego syn, nie zmarli z przyczyn naturalnych. Mieli oni zamiar otruć bogatego kardynała Adriano Castello i omyłkowo wypili zatrute wino. Teoria ta ma jednak sporo mankamentów i wątpliwości, a co za tym idzie, jako nieprawdopodobna i nieprawdziwa, jest odrzucana przez większość badaczy historii papiestwa.
Ocena thumb|Fresk Pinturicchiego, przedstawiający Aleksandra VI Okazał się dobrym dyplomatą i politykiem. Prowadził jednak bardzo rozwiązłe życie (przeciwnicy polityczni zarzucali mu nawet uczestnictwo w publicznych orgiach wraz z własną córką) i dbał nadmiernie o swoją rodzinę. Wszystkie swoje dzieci obsadził na wysokich stanowiskach w Państwie Kościelnym i zapewnił im dobrobyt.