Zarzucano mu nadmierny przepych dworu papieskiego, symonię, nikolaizm i nepotyzm.
Oceny pontyfikatu Aleksandra VI bywają skrajne – często uznaje się go za jednego z najgorszych papieży. Powstała też specyficzna czarna legenda Aleksandra VI i jego dzieci. Wiele faktów historycznych wciąż budzi spory – do złagodzenia opinii historyków o Aleksandrze VI, który szczególnie surowo oceniany był przez XIX-wieczną historiografię protestancką, przyczyniło się też odkrycie wielu nowych dokumentów historycznych. Istnieją jednak wśród historyków także tendencje do oczyszczania Aleksandra VI z wielu stawianych mu zarzutów oraz uwypuklania pozytywnych aspektów jego działalności.
Wśród historyków XX-wiecznych bardzo negatywnie ocenia Aleksandra VI Ludwig von Pastor. Twierdził on, że panowanie Aleksandra VI było tragedią dla Kościoła, jego rządy charakteryzowała buta, jawna rozwiązłość w życiu prywatnym i nepotyzm. Nawet śmierć ukochanego syna, Juana, nie spowodowała przemiany moralnej papieża, który wkrótce potem powrócił do niemoralnego życia. Pastor zwrócił jednak uwagę, że nawet najzacieklejsi wrogowie Borgii nie mogli mu nic zarzucić w sprawach czysto kościelnych. Ogólnie jednak ocenił, że rządy Aleksandra zdyskredytowały autorytet papiestwa i były nieszczęściem dla Kościoła.