Wojna z Francuzami i Indianami Wkrótce po ukończeniu przez Francisa 25 roku życia, on i jego brat Gabriel zaciągnęli się do oddziału kapitana Johna Postella i brali udział w trwającej już od 5 lat, brytyjskiej wojnie z Francuzami i Indianami. W 1761 roku już w stopniu służył pod komendą kapitana Williama Moultrie i brał udział w kampanii przeciw Czirokezom. Marion nie wypowiadał się pochlebnie o prowadzonej przez Brytyjczyków kampanii.
Wojna o niepodległość Stanów Zjednoczonych W 1775 został członkiem Kongresu Prowincji Karolina Południowa a 21 lipca 1775 otrzymał patent oficerski i rangę kapitana w 2 Regimencie Karoliny Południowej. Trafił pod komendę Williama Moultrie, pod którym służył w czerwcu 1776 w obronie Fortu Sullivan i Fortu Moultrie w zatoce Charleston.
We wrześniu 1776 Kongres Kontynentalny awansował go do stopnia podpułkownika. Na jesieni 1779 brał udział w oblężeniu Savannah, a na początku 1780, pod dowództwem generała Benjamina Lincolna, został zaangażowany w szkolenie milicji lokalnych ze zbuntowanych prowincji.
Udało mu się uciec przed wzięciem do niewoli gdy Chrleston upadł 12 maja 1780 roku, pośrednio pomogło mu w tym wypadek, w którym złamał kostkę u nogi.