Na dworcu kolejowym w Wadowicach ofiary do karetek przenosili sanitariusze i niemieccy żołnierze, a akcją kierował osobiście doktor Sołtysik. Śmierć poniosło co najmniej pięciu z przywiezionych. Niektórzy z rannych (najpewniej Niemcy) zostali przewiezieni także do Andrychowa, Chrzanowa oraz szpitala polowego w Kalwarii Zebrzydowskiej. Część ofiar mogła zostać przewieziona także do innych szpitali.
Ofiary Dokładna liczba ofiar pozostaje niewiadomą. Chociaż zginęło co najmniej 60 osób, znanych jest jedynie 19 nazwisk. Zdaniem części relacji zebranych w opracowaniu Andrzeja Nowakowskiego liczba ofiar śmiertelnych mogła sięgnąć 134, poważnie rannych – około 100, a wszystkich rannych – 200 osób. Nieznana jest liczba wszystkich ofiar zmarłych w szpitalach, jak również dokładna liczba zabitych wśród Niemców, wyciąganych z pociągu wojskowego pod osłoną nocy.
Najwięcej zgonów związanych z katastrofą odnotowano w księdze zgonów parafii barwałdzkiej. Większość pochówków odbyła się, zgodnie z tradycją, w dwa dni po katastrofie. Część pogrzebów odbyła się jednak później. Identyfikacja zwłok była pełna trudności, część ofiar nie posiadała dokumentu tożsamości (tzw. kenkarty). Ofiary chowano na cmentarzu parafialnym w Barwałdzie Dolnym oraz w miejscowościach, z których pochodziły.