Kiedy dyżurny ruchu powrócił, pociągu osobowego nie było już na stacji. Uświadomił on sobie niebezpieczeństwo zderzenia obu pociągów. Natychmiast powiadomił on telefonicznie dyżurnego w Kleczy Górnej, jednak informacja dotarła tam zbyt późno, gdy pociąg wojskowy minął już stację. Wiadomość dotarła w porę do dyżurnego stacji Kalwaria Zebrzydowska, która nie była wówczas wyposażona w semafory wjazdowe ani wyjazdowe. Dyżurny ruchu ostrzegał załogę pociągu przy użyciu czerwonej chorągiewki oraz okrzykami „Halt – Stój!”. Najprawdopodobniej maszynista i kierownik pociągu mający rozkaz „A” zlekceważyli te ostrzeżenia. W akcie desperacji, dyżurny Kalwarii Lanckorony wysłał w pościg za pociągiem osobowym parowóz przetokowy, który gwizdem starał się ostrzec przed niebezpieczeństwem. Maszynista nie usłyszał goniącej go lokomotywy (w momencie wypadku parowóz przetokowy od pociągu pasażerskiego dzieliło około 500 metrów). Podczas zderzenia, prędkość pociągu wojskowego, który jechał pod górę, nie była zbyt wysoka, w przeciwieństwie do pociągu osobowego, który wychodził z zakrętu na terenie o znacznym spadku wysokości z prędkością 60–70 km/h.