W maju 1892 został dwukrotnie aresztowany przez władze carskie. W obawie o bezpieczeństwo innych członków organizacji zdecydował się na emigrację. Od 1892 do 1906 przebywał za granicą, początkowo w Szwajcarii (w Zurychu), a później we Francji (w Paryżu). Tam zajął się m.in. zecerstwem, co stało się jego głównym źródłem utrzymania. Przydało się także w późniejszej działalności konspiracyjnej (mieszkał przy rue Scription 6, a pracował przy rue du Four 3). Podczas pobytu we Francji wszedł w skład Związku Zagranicznego Socjalistów Polskich, zajmując miejsce w zarządzie organizacji.

12 stycznia 1893 został wydalony z Francji na mocy decyzji administracyjnej jako szczególnie niebezpieczny działacz polityczny, Francja była wówczas sojusznikiem carskiej Rosji, a Ochrana miała swoją delegaturę w Paryżu. W wykonaniu decyzji poprzez Boulogne-sur-Mer udał się do Wielkiej Brytanii, gdzie pracował jako drukarz. W czerwcu 1893 r. zarząd Związku Zagranicznego Socjalistów Polskich zadecydował o wysłaniu do Królestwa Polskiego Wojciechowskiego, który miał poprawić sytuację PPS, przechodzącej kryzys i cierpiącej ze względu na brak spójności wewnętrznej. Jak pisał Piotr Wróbel, w tym okresie Wojciechowski W działalności tej ściśle współpracował z Józefem Piłsudskim, z którym m.in. redagował socjalistyczną gazetę „Robotnik”.