W trakcie swej działalności w PPS, polegającej m.in. na gromadzeniu broni, utrzymywał także kontakty z prawicową Ligą Narodową (wykorzystując w ten sposób dawne znajomości z „Zetu”).
W 1899 Wojciechowski ożenił się z Marią Kiersnowską, pochodzącą z drobnej rodziny szlacheckiej zamieszkałej pod Giedrojciami. Zaraz po ślubie wyjechał wraz z żoną do Londynu, gdzie urodziły się ich dzieci. Tam poznał m.in. Piotra Kropotkina. W tym czasie kilkakrotnie przyjeżdżał do Polski, gdzie wciąż prowadził działalność konspiracyjną – m.in. w Wilnie założył tajną drukarnię „Robotnika”, prowadził akcje propagandowe wśród robotników Zagłębia Dąbrowskiego, jak również tę z okazji setnej rocznicy urodzin Adama Mickiewicza.
W 1905 wycofał się z działalności partyjnej, bowiem w PPS podczas warszawskiego zjazdu tymczasową przewagę uzyskała frakcja antyniepodległościowa tzw. „młodych”. Wobec takiego rozwoju wypadków Wojciechowski nie wszedł w skład władz partyjnych i (w przeciwieństwie do Piłsudskiego) nie zaangażował się w budowanie PPS – Frakcji Rewolucyjnej.