Szczegóła, Koniec panowania…,s.140..

Na początku XVI wieku miasto było kilkukrotnie niszczone w wyniku klęsk żywiołowych.

W 1500 miał miejsce wielki pożar, podczas którego spaliła się niemal połowa miasta. Drugi pożar wybuchł w 1522, w jego wyniku Świebodzin ulega całkowitemu spaleniu, wobec czego król zwolnił miasto z opłat na rzecz władcy na następne 10 lat. W 1533 miasto zostało częściowo zniszczone po trzęsieniu ziemi, oraz przeżyło epidemię „czarnej śmierci”.

Czasy nowożytne Od 1526 miasto znalazło się w granicach monarchii Habsburgów, jako miasto królewskie oraz stolica weichbildu świebodzińskiego. W 1540 dzierżawcami lenna zamkowego w Świebodzinie została rodzina von Knobelsdorff, która odegrała w następnych latach największą rolę w dziejach miasta. W 1561 Świebodzin uzyskał prawa do wolnego wyboru rady miejskiej, co pozytywnie wpłynęło na rozwój miasta. W 1611 miasto złożyło hołd cesarzowi habsburskiemu, jako jedno z siedemnastu miast królewskich. W okresie wojny trzydziestoletniej (1618–1648), miasto wielokrotnie przechodziło pod kontrolę wojsk cesarskich, brandenbursko-saskich lub szwedzkich. Wojna zniszczyła siłę gospodarczą i polityczną miasta, jednak pod tym względem miasto dzieliło losy całego obszaru niemieckojęzycznego w Europie.