Relacja z katolicyzmem Ontologizm ukształtował się jako kierunek doktrynalny w ramach katolicyzmu. Wkrótce jednak został uznany za błąd teologiczny. Kościół Katolicki krytykował go i potępiał niektóre jego tezy. W krytykach tych wskazywano na jego korzenie w panteistycznych koncepcjach Spinozy, Schellinga i Hegla, oraz tendencje do eklektyzmu. Można też wywodzić ontologizm z jakichkolwiek tez utożsamiających byt jako taki z Bogiem chrześcijańskim, co jest dla katolicyzmu problematyczne.
W 1861 doszło do formalnego potępienia ontologizmu przez Kongregację Świetego Oficjum. Potępiono w szczególności tezyEnchriridion symbolorum, art. 1659-1665, za: : bezpośrednie poznanie Boga, a przynajmniej zwykła o Nim wiedza, jest czymś, co z istoty przysługuje ludzkiemu umysłowi, a zatem bez tegopoznania nie moglibyśmy niczego wierdzieć;