Pierwszy zachowany zapis o miejscowości pochodzi z łacińskiego dokumentu z 1316 gdzie odnotowano ją pod staropolską, zlatynizowaną nazwą "de Lubome”, 1385 „Lubym”, 1386 „Lubom”, 1399 „in Lubome”, 1400 „Lubonia”, 1412 błędnie „Ludom”, 1420 „Luboń”, 1426 „Lubomye”, 1429 „Lubonie”, 1429 błędnie „Ludomy”, 1429 „Lubonya”,1452 „Lubomy, Lubomya”, 1465 „Lvbom”, 1478 „Liubom", 1500 „Lubon”, 1580 „Lubon”, 1622-1624 „Lubon cum praedio Wilda”, 1712 „Lubon”.
Według językoznawców dawna nazwa miejscowości pochodzi od nazwy osobowej „Lubom” z sufiksem „-je, jЬ, ja”. Forma ta uległa wpływowi nazw z wygłosowym –„-ń”, typu „Poznań” pod wpływem spółgłoskowych apelatywów żeńskich typu „toń, dłoń”. Od nazwy miejscowej wsi Luboń, pochodzi polskie, szlacheckie, odmiejscowe nazwisko Lubońskich, którzy od średniowiecza byli dawnymi właścicielami miejscowości. Wśród ludu używano także gwarowej odmiany „luboń, -na, -luboński”.
Po rozbiorach Polski Prusacy używali również zgermanizowanej nazwy „Luban” utworzonej od nazwy polskiej. Obok niemieckiej używano także nazwy polskiej.