Kariera reprezentacyjna Wcześniej Miyamoto występował w reprezentacjach młodzieżowych różnych kategorii. W 1993 r. dotarł do ćwierćfinału Mistrzostw Świata U-17. W 1997 r. powtórzył to osiągnięcie na młodzieżowych Mistrzostwach Świata, a w 2000 – na Igrzyskach Olimpijskich w Sydney.
W reprezentacji Japonii Miyamoto zadebiutował 18 czerwca 2000 r. w wygranym 2:0 towarzyskim spotkaniu z Boliwią.
Zanim został powołany na mundial rozegrał kilka towarzyskich meczów, między innymi w wygranym z Polską 2-0.
Mistrzostwa Świata 2002 W 2002 r. został powołany na Mistrzostwach Świata. Pierwszy mecz z Belgami rozpoczął na ławce, zmienił w 71 minucie kontuzjowanego Ryuzo Moriokę i założył w jego miejsce opaskę kapitańską mimo że był to jego dopiero trzynasty mecz w reprezentacji. Od tej pory pozostał kapitanem kadry narodowej. Zachowując dwa ważne czyste konta, w kolejnych dwóch wygranych meczach: 1:0 z Rosją i 2:0 z Tunezją. 1/8 finału zagrał z Turcją, mecz był bardzo wyrównany, niestety przegrany 1-0, ale obrońca Japonii grał dobrze. Oprócz opaski kapitana nosił maskę marki Adidas, ponieważ kilka dni wcześniej uszkodził nos na treningu. Powiedział, że maska nie przeszkadzała mu w grze. Niektórzy kibice Japońscy sami zaczęli nosić takie maski, przez co firma Adidas wyprodukowała ich setki.