Budowa synagogi wywołała kontrowersje w części środowisk żydowskich, szczególnie wśród przedstawicieli nurtu ortodoksyjnego. Gaon Elijahu Liders, rabin Żagor i Kuldygi, wydał zakaz odprawiania modlitw w nowej świątyni. Głównym powodem sprzeciwu był kształt kopuły z umieszczoną na niej gwiazdą Dawida, która z daleka miała przypominać krzyż chrześcijański. Dodatkowe zastrzeżenia dotyczyły usytuowania bimy obok aron ha-kodesz oraz zbyt niskiej przegrody oddzielającej część przeznaczoną dla kobiet, co naruszało tradycyjny porządek liturgiczny. W konsekwencji zakazu synagoga pozostawała nieużywana przez trzy lata, a minjan społeczności niemieckich Żydów w Lipawie był zagrożony rozwiązaniem. Według relacji z tamtego okresu oferowano nawet wynagrodzenie handlarzom targowym za uczestnictwo w modlitwach, jednak bezskutecznie.
Sytuacja została rozwiązana w 1876 roku dzięki interwencji ortodoksyjnych rabinów z Litwy – Gilela i Elijahu. Na ich wniosek usunięto gwiazdę Dawida z kopuły, przemieszczono bimę do centralnej części synagogi oraz podwyższono przegrodę oddzielającą część dla kobiet.