Te modyfikacje umożliwiły osiągnięcie porozumienia i ostateczne dopuszczenie synagogi do użytku liturgicznego.
Synagoga funkcjonowała jako świątynia chóralna, w której działał profesjonalny chór kantorów oraz chór chłopięcy towarzyszący nabożeństwom i obchodom świąt religijnych. Uroczystości liturgiczne przyciągały licznych uczestników różnych wyznań i narodowości. W synagodze występowali znani kantorzy europejscy, między innymi Mosze Kusewicki oraz Abraham Mihelson. W okresie świąt religijnych synagoga przyciągała zwiększoną liczbę uczestników. Pełniła również funkcję muzycznego chederu – szkoły muzycznej dla chłopców. mały|Centrum Lipawy z widocznym tyłem synagogi po lewej stronie.
Zniszczenie Podczas niemieckiej okupacji Łotwy w II wojnie światowej Wielka Synagoga była jedyną żydowską świątynią w Lipawie, która początkowo uniknęła zniszczenia. Pozostałe synagogi miasta zostały zburzone na początku wojny zgodnie z nazistowskim planem likwidacji śladów obecności żydowskiej. W lipcu 1941 roku władze okupacyjne wydały nakaz rozbiórki synagogi. Ze względu na centralne usytuowanie budynku w mieście zrezygnowano z jego wysadzenia w obawie o inne zabudowania.