Po wyborze nowego papieża, sekretarz stanu traci swoje stanowisko, ale może zostać mianowany ponownieProfil Sekretariatu Stanu na stronie WatykanuProfil Sekretariatu Stanu w portalu Zenit.
Historia Urząd sekretarza stanu ma swoje korzenie we wczesnym XVI wieku, kiedy papież Leon X utworzył stanowisko papieskiego sekretarza osobistego (secretarius intimus) aby zajmował się kontaktami z misjami dyplomatycznymi Stolicy Apostolskiej, które dopiero zaczynały posiadać stałe siedziby. Na tym etapie funkcja sekretarza była stosunkowo niewielkim urzędem. Administracja Stolicy Apostolskiej była zarządzana przez jednego z pozostałych kardynałów, który zazwyczaj był również krewnym papieża ().
Sytuacja zmieniła się po tym jak Juliusz III powierzył funkcję zarządcy administracji Innocenzo Ciocchi del Monte – nastoletniemu niemal analfabecie, który wychował się na ulicy i dopiero co został adoptowany przez brata papieża Juliusza. Nowy zarządca okazał się niekompetentny i Juliusz III postanowił zwiększyć zakres obowiązków sekretarza stanu aby wyręczał on papieskiego bratanka. Od 1644 roku w stosunku do sekretarza stanu zaczęto używać tytułu Kardynała Sekretarza Stanu Stolicy Apostolskiej.