Kontrowersje teologiczne przekształciły się w konflikt polityczny, który ogarnął kilka prowincji i zagroził integralności Cesarstwa Rzymskiego.
Zgromadzenie w Efezie było jedynym soborem starożytnym, którego obrady wymknęły się spod kontroli władzy państwowej. Biskupi podzielili się na dwie frakcje, które zebrały się osobno, nie uznawały się nawzajem i podjęły rozbieżne uchwały. Każda z tych frakcji twierdziła, że jej obrady były soborem ekumenicznym. Przywódcy obu frakcji zostali aresztowani i usunięci z urzędów. W konsekwencji żaden z uchwalonych dokumentów nie został uznany przez cesarz wschodniorzymskiego Teodozjusza II i opublikowany. Kilka różnych zbiorów materiałów rozpowszechniono wkrótce po zakończeniu obrad, ale dokumenty związane z soborem zostały zebrane dopiero w VI wieku.
Badania naukowe nad soborem thumb|Łaciński manuskrypt należący do tzw. Collectio Veronensis. Kopia starożytnej transkrypcji zapisu stenograficznego obrad soboru, sporządzona w IX wieku. Przechowywana w chicagowskiej pod sygnaturą Ms Fragment 7. Folio I verso – II recto