W 2001 roku został piłkarzem szwedzkiego Malmö FF, w barwach którego wystąpił w 29 ligowych meczach. W 2002 roku powrócił do kraju i trafił do Aarhus GF. Po spadku zespołu w sezonie 2005/2006 do drugiej ligi Brian Steen postanowił zakończyć piłkarską karierę. Dla Aarhus GF przez trzy sezony rozegrał 65 pojedynków i zdobył pięć bramek.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Danii Nielsen zadebiutował 14 lutego 1990 roku w zremisowanym 0:0 pojedynku z Egiptem. W 1995 roku pokonując w finale 2:0 Argentynę razem z zespołem zwyciężył w Pucharze Konfederacji. W 1996 roku został powołany przez Richarda Møllera Nielsena do drużyny narodowej na mistrzostwa Europy. Duńczycy zajęli na nich trzecie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. W 2002 roku Brian Stenn znalazł się w kadrze Bo Johanssona na kolejne mistrzostwa Europy. Na boiskach Belgii i Holandii Dania przegrała wszystkie spotkania i zajęła ostatnie miejsce w fazie grupowej. Nielsen na imprezie tej pełnił rolę rezerwowego i zagrał tylko w meczu przeciwko Holandii, w którym w 67 minucie zmienił Thomasa Gravesena. Ostatnim wielkim turniejem w karierze wychowanka Vejle BK były Mistrzostwa Świata 2002. Reprezentacja Danii pewnie przebrnęła przez rundę grupową, którą niespodziewanie zakończyła na pierwszej pozycji.