poprzez media), organizowanie wspólnych konferencji, zjazdów i nabożeństw, kościoły Francuskiej Federacji Protestanckiej współpracują ze sobą w ramach realizacji projektów dotyczących aktywności społecznej, troski o dzieci i osoby starsze, wspólnych działań na polu oświaty, komunikacji, sztuki, kontaktów z organizacjami międzynarodowymi oraz rozwoju.
Organizacja Federacja skupia łącznie 23 francuskie kościoły protestanckie z łączną liczbą 900 tysięcy wiernych, zrzeszonych w ramach 1268 zborów i parafii, obsługiwanych przez 1065 pastorów (w tym 196 pastorek – w wyznaniach stosujących ordynację kobiet). Każda parafia i zbór kościoła sfederowanego przynależy automatycznie do jednego z dwudziestu dwóch okręgów Federacji. Oprócz kościołów, członkami Francuskiej Federacji Protestanckiej jest 81 stowarzyszeń reprezentujących 500 społeczności, instytucji oraz ruchów.
Prezydent Federacji stoi na czele Prezydium Rady Naczelnej, w skład której wchodzą także zastępcy prezydenta, skarbnik, sekretarz i asesor. Obecnie, stanowisko Prezydenta Federacji zajmuje pastor Claude Baty z Jednoty Wolnych Zborów Ewangelickich.