Ważną postacią w dziejach ateizmu w Polsce był Kazimierz Łyszczyński, skazany w 1689 przez Komisję Sejmową za ateizm na spalenie na stosie, zamienione w drodze łaski na ścięcie i spalenie zwłok. Publiczna egzekucja miała miejsce na rynku Starego Miasta w Warszawie 30 marca 1689. Przyczyną procesu i skazania Łyszczyńskiego było napisanie przez niego dzieła De non existentia Dei (O nieistnieniu Boga), którego rękopis, a zarazem jedyny egzemplarz, został spalony podczas egzekucji. W swoim traktacie, z którego cytaty zachowały się w mowie oskarżyciela, Łyszczyński pisał: „Bóg jest tworem i dziełem człowieka” oraz „Prosty lud oszukiwany jest przez mądrzejszych wymysłem wiary w Boga na swoje uciemiężenie”Wielka Encyklopedia Polski, t.VI, wyd. Kluszczyński, Kraków 2004 ..
W XVIII w., w epoce Oświecenia, do ateizmu w szeregu utworów przyznał się Tomasz Kajetan Węgierski, poeta, epikurejczyk, autor zjadliwych libertyńskich wierszy, podróżnik, wolnomularz, tłumacz i naśladowca Woltera.