Wpłynęło to na opublikowanie późniejszej deklaracji Balfoura. W 1916 Samuel został ministrem spraw wewnętrznych. Stanął w obliczu niedoboru żołnierzy potrzebnych do walki na frontach I wojny światowej i pogłębiającego się jednocześnie niedoboru siły roboczej potrzebnej dla przemysłu zbrojeniowego. Drugim trudnym problemem była kwestia tysięcy rosyjskich uchodźców (wielu z nich było młodymi Żydami), przed którymi postawiono wybór między poborem do British Army lub powrotem do Imperium Rosyjskiego i służbą w armii carskiej. Gdy w 1916 nastąpiła seria niepowodzeń wojennych, którym towarzyszyła coraz większa liczba ofiar, rządząca Partia Liberalna straciła zaufanie do rządu Asquitha i poparła pro-syjonistycznego kandydata na premiera Davida Lloyd George’a. Rządem od początku targały spory między liberałami a nieusatysfakcjonowanymi podziałem ministerstw konserwatystami. Rząd upadł 5 grudnia 1916, kiedy konserwatyści odmówili współpracy z Asquithem. Były premier i jego stronnicy przeszli do opozycji. Samuel opowiedział się za Asquithem i stracił miejsce w rządzie. Konserwatyści utworzyli natomiast gabinet z pozostałymi liberałami, na którego czele stanął lider tych ostatnich David Lloyd George. Jego secesja oznaczała rozłam w Partii Liberalnej, który ostatecznie odsunął liberałów od władzy w Wielkiej Brytanii.