Nieliczne gatunki grzybów wodnych (np. Leptomitus lacteus) rozwijają się dzięki substancjom organicznym, które pobierają wprost z wody. Większość grzybów wodnych jest związana z roślinami i zwierzętami wodnymi lub znajdującą się w wodzie martwą materią organiczną. Obecność grzybów wodnych w naturalnych siedliskach, ich aktywność życiowa i rola w zbiornikach wodnych, zależą od działania dużej liczby czynników środowiskowych oraz od reagowania na nie różnych gatunków grzybów. Czynniki środowiskowe regulujące aktywność mykobioty wód mogą być związane z wodą, z podłożem lub żywicielem, na którym lub w którym rozwija się grzyb lub z oddziaływaniem innych organizmów występujących w tym samym biotopie. Lista zwierząt wodnych, z których wyizolowano grzyby wodne jest długa: małże, krewetki, równonogi, obunogi, kraby, gąbki, jeżowce, wieloszczety, ryby, delfiny, wieloryby, pingwiny, mewy i rybitwy i niewątpliwie byłaby dłuższa, gdyby badań było więcej. Zidentyfikowane grzyby zwykle występują w wodzie, ale nie zawsze.