Na przykład niektóre grzyby drożdżopodobne, takie jak gatunki z rodzaju Metschnikowia, są chorobotwórcze dla skorupiaków planktonowych, powodują infekcję i ostateczna śmierć ryb.
Na biologię grzybów wodnych mają wpływ takie właściwości wody jak: jej ruchliwość, ilość, ciągłość przestrzenna i czasowa, chemizm, natlenienie, temperatura, ciśnienie, naświetlenie.
Znaczenie Grzyby wodne pełnią ważną rolę w akwenach. Biorą udział w biologicznym rozkładzie (zarówno na drodze tlenowej, jak i beztlenowej) materii organicznej pochodzenia roślinnego i zwierzęcego. Część pierwiastków (pobranych z rozkładu martwej materii organicznej) wprowadzają do obiegu w przyrodzie. Są regulatorami liczebności niektórych organizmów planktonowych. Grzyby saprofityczne rozkładają wiele związków organicznych, opornych na mineralizację dla większości bakterii, co jest bardzo ważne dla procesu samooczyszczania się wód. Niektóre z metabolitów grzybów mogą jednak nadawać wodzie nieprzyjemny zapach. Niektóre są pasożytami ryb, mięczaków i innych zwierząt wodnych. Grzyby i lęgniowce wodne, często wraz z bakteriami i glonami, mogą masowo występować w wodach zanieczyszczonych ściekami zawierającymi materię organiczną. Mogą być wykorzystane do oznaczania czystości wód. Wskaźnikami warunków α-mezosaprobowych są m.in.