11 marca 1941 roku władze okupacyjne mordują w zbiorowej egzekucji 17 Polaków więzionych na Pawiaku. Jest to odwet za zabójstwo przez polskie podziemie znanego aktora filmowego, volksdeutscha Igo SymaWładysław Bartoszewski, Warszawski pierścień śmierci 1939–1944. Terror hitlerowski w okupowanej stolicy, wyd. 3 uzup., Warszawa: Świat Książki – Bertelsmann Media 2008, s. 108.. Wśród rozstrzelanych 11 marca w lesie w Palmirach był Kazimierz Zakrzewski. Władze niemieckie nie podały nazwisk rozstrzelanych, lecz wkrótce było wiadomo, że wśród straconych znalazł się prof. Zakrzewski. W listopadzie 1945 roku Polski Czerwony Krzyż ekshumował jego zwłoki. Następnie zostały one złożone w grobie IV na cmentarzu w Palmirach. Jego śmierć nastąpiła w ramach akcji AB, mającej na celu eksterminację polskiej inteligencjiJulian Borkowski, Kazimierz Zakrzewski ps. „Bakałarz”, „Bobrowski” w czasie II wojny światowej [w:] Kazimierz Zakrzewski. Historia i polityka, red. Małgorzata Dąbrowska, Warszawa–Łódź 2015, s. 294-308..