Filopon zostawił też po sobie traktat O stworzeniu świata (Perí kosmopoíjas) w 7 księgach, w którym opierając się na dziełach Bazylego Wielkiego i Teodora z Mopsuestii dowodził wyższości biblijnego opisu stworzenia świata nad rozważaniami Arystotelesa. We wstępie położył nacisk na okoliczność, że biblijny opis stworzenia nie jest ani naukowym, ani filozoficznym wyjaśnieniem początku rzeczy, lecz zachętą do szukania Boga. Mojżesz nie był, zdaniem Filopona, fizykiem. Nie stawiał sobie pytań o naturę rzeczy, o substancję świata podksiężycowego. Jego celem było przekazać ludziom wiedzę o Bogu i nauczyć ich żyć zgodnie z nią. Jednocześnie Filopon sprzeciwiał się literalnej interpretacji Księgi Rodzaju rozwiniętej przez Kosmasa Indikopleustesa i jego następców z egzegetycznej szkoły antiocheńskiej. Uważał, że biblijny opis stworzenia nie stoi w sprzeczności z odkryciami filozofii.
Inna praca Filopona, Dysputy nad Paschą (De Paschate), ma duże znaczenie dla ustalenia daty Wielkiejnocy.