Focjusz przekazał tytuły 4 innych, dziś zaginionych, traktatów Filopona: Przeciw synodowi chalcedońskiemu (Focjusz, Biblioteka, cod. 55), Przeciw Janowi Scholastykowi (cod. 75), O Zmartwychwstaniu (cod. 21), w którym głosił pogląd, że ciała po zmartwychwstaniu nie będą tożsame z naszymi obecnymi ciałami, i O posągach (cod. 215), w którym polemizował z neoplatonikiem Jamblichem i jego dziełem Nauka pitagorejska.
Prace gramatyczne, medyczne i matematyczne Badania Filopona nad językiem greckim zaowocowały traktatem O akcencie (Toniká parangélamata) dotyczącym zagadnień fonetycznych i rozprawą leksykograficzną zatytułowaną Słownik (Perí ton diaphòros tonuménon kaj diáphora semainònton), poruszającą kwestie semantyki wyrazów. Obydwie, wzajemnie się uzupełniające prace zostały oparte na dziele gramatyka Herodiana, autora Prozodii ogólnej.
Z prac gramatycznych Filopona korzystał jeszcze w XIII wieku metropolita Koryntu, Grzegorz.
Filopon był też autorem dwóch rozpraw medycznych: O pulsie (Perí sphygmú) i O gorączce (Perí pyretú) oraz filozoficznego komentarza do Podstaw matematyki Nikomachosa z Gerazy, autora z III wieku przed Chr.