W komentarzu zastosował pitagorejskie spekulacje liczbowe do objaśnienia powstania i budowy wszechświata.
Poglądy Zagadnienie intelektu czynnego Dla filozofii wieków średnich szczególne znaczenie miał komentarz Filopona do księgi III O duszy Arystotelesa dotyczący rozumienia intelektu czynnego. Zauważa on w nim, że wszyscy komentatorzy myśli Stagiryty zgodnie twierdzą, że każdy człowiek posiada własny intelekt bierny, różnią się natomiast w kwestii intelektu czynnego. Jedni twierdzą, że ponieważ ludzki intelekt jest czasem w możności, nie może być zatem intelektem czynnym. Uznają więc intelekt czynny za powszechny i przypisują go wyłącznie Bogu, który jest czystym aktem i nie ma w nim możności. Inni według Filopona twierdzą, że intelekt czynny nie może być Bogiem, uznają go za byt niższy od Boga, ale wyższy od człowieka (demiourgos), który oświeca każdego człowieka, proporcjonalnie do jego natury. Jeszcze inni zasadę intelektualnego poznania umieszczają w samej duszy ludzkiej, przyjmując istnienie w człowieku dwóch intelektów, biernego, istniejącego w nim z natury i działającego stale, oraz czynnego, działającego okresowo, gdy oświeca intelekt bierny. Za poprawną interpretację Arystotelesa Filopon uznaje pogląd, wedle którego człowiek posiada jeden, własny intelekt, który znajduje się już to w możności, już to w akcie.