W wodach wokół wyspy występuje wiele gatunków zagrożonych wyginięciem. Występują tu licznie pelagialne ryby kostnoszkieletowe, rekiny, ssaki morskie i żółwie morskie, m.in. rzadki rekin piaskowy Odontaspis ferox. Wokół Malpelo zaobserwowano ogromne grupy głowomłotów tropikalnych liczące ponad 200 osobników, a także liczące ponad tysiąc osobników grupy żarłaczy jedwabistych, rekinów wielorybich czy tuńczyków. Występują tu również barakudy Sphyraena idiastes, orlenie cętkowane, manty, pelamidy wschodnie, lucjanusy i karanksy a także endemiczne taksony rozgwiazd Tamaria stria i Narcissia gracilis malpeloensis.
Historia W okresie hiszpańskich podbojów kolonialnych wyspa nie była znana Hiszpanom, choć należała do Hiszpanii po podziale strefy wpływów w Nowym Świecie pomiędzy Hiszpanią a Portugalią według linii demarkacyjnej wyznaczonej przez papieża Aleksandra VI w 1493 roku. Na mocy Traktatu z Tordesillas z 1494 roku wyspa należała do Peru.