W 1810 roku, kiedy Kolumbia uzyskała niepodległość od Hiszpanii, wyspa przeszła w ręce Kolumbii w zgodzie z zasadą Uti possidetis. Wyspa wyznacza granicę morską z Kostaryką. Przynależność do Kolumbii została potwierdzona w kolejnych traktatach z 1976 i 1984 roku. W 1986 roku kolumbijski rząd założył na wyspie stację marynarki, gdzie mogło przybywać sześciu żołnierzy, rozszerzając wyłączną strefę ekonomiczną o 450 mil na zachód.
Badania i ochrona środowiska Pierwszym naukowcem, który odwiedził wyspę był amerykański zoolog Charles Haskins Townsend (1859–1944), który przybył tu w marcu 1921 roku na pokładzie statku United States Fish Commission i zebrał okazy ptaków i gadów. Townsend przywiózł m.in. endemiczną jaszczurkę Anolis agassizi, którą w 1900 roku opisał Leonhard Stejneger (1851–1943). W 1893 roku amerykański karcynolog Walter Faxon (1848–1920) opisał kraba lądowego Johngarthia malpilensis. Podczas wyprawy na wyspy Galapagos w 1927 roku, amerykański herpetolog Joseph Richard Slevin (1881–1957) zebrał kilka okazów jaszczurek z Malpelo. W 1945 roku powstało pierwsze naukowe opracowanie wyspy autorstwa Roberta Cushmana Murphy’ego (1887–1973), kolejne opublikował w 1972 roku Instytut Smithsona.