Váchal prezentował specyficzną, ekspresjonistyczną wizję świata, ocierającą się o prymitywizm. W grafice szukał nowych dróg, m.in. eksperymentował z kolorowym drzeworytem. Wytwarzał własne książki metodą rękodzielniczą. Umieszczał w nich swoje drzeworyty, sam je drukował i składał. Często nakład takich pozycji wynosił kilkanaście sztuk. W ten sposób wyszły np. Krvavý román, Šumava umírající a romantická i Receptář barevného dřevotisku. Książki te są wybitnymi zabytkami czeskiej grafiki XX wieku.
Po nastaniu reżimu komunistycznego w Czechosłowacji twórca popadł w artystyczną izolację i niemoc. Żył w zapomnieniu w dawnym majątku przyjaciółki Anny Mackovéj w Studeňanach, który pozostawał pod zarządem stacji traktorowej miejscowego JZD. Krótkotrwała odwilż w 1968 nie przyniosła artyście żadnych zmian. Został jedynie odznaczony orderem Zasłużonego Artysty, a wkrótce potem zmarł. Pochowano go na cmentarzu w Radimie.
Artystę ponownie odkryto dopiero po 1989. W 1993 wydawnictwo Paseka im.