Od śmierci brata Henryk IX rządził w księstwie samodzielnie. Wcześniej bo już w 1420 po śmierci matki do księstwa została dołączone Kożuchów i Zielona Góra. Nieliczenie się w przypadku odziedziczonych terenów ze stanowiskiem starszego brata Jana I żagańskiego doprowadziło do krótkotrwałej wojny pomiędzy synami Henryka VIII. Konflikt zakończył się pełnym sukcesem Henryka IX i zatrzymaniem spornych terenów (spór rozstrzygnął ostatecznie władca Saksonii Rudolf III pozostawiając ziemie obydwu książąt w stanie nienaruszonym).
Według ówczesnych kronik Henryk IX był człowiekiem łagodnym, o spokojnym usposobieniu. W młodości proponowano mu biskupstwo wrocławskie, którego jednak nie przyjął. Czasy, w których przyszło sprawować mu rządy były niespokojne – był to okres wojen husyckich, które objęły swoim zasięgiem Śląsk i księstwo głogowskie.