Opozycja doprowadziła do tego, że w 1843 Wiedeń wydał zakaz używania słowa „iliryjski” i wprowadził cenzurę (udało się ten zakaz wkrótce uchylić dzięki kontaktowi Gaja z Węgrami, co jednak nie pomogło mu w odbudowie jego pozycji w ruchu). W 1843 Węgrzy ponownie podjęli próbę wprowadzenia języka węgierskiego jako urzędowego – konflikt narastał, dochodziło do zamieszek, podczas jednych z nich, 29 lipca 1845 zginęło kilkanaście osób.

W latach 40. (zwłaszcza w drugiej ich połowie) także coraz wyraźniej uwidaczniało się chorwackie oblicze ruchu iliryjskiego. Jeszcze w 1842 Ljudevit Vukotinović pisał o południowosłowiańskim narodzie iliryjskim, ale coraz częściej działacze ruchu zdawali sobie sprawę z niemożności realizacji tej idei. Coraz silniejsze stawały się narodowe aspiracje każdego z narodów południowo-słowiańskich, a iliryzm nie dawał im ram, w których te tendencje mogłyby się rozwijać. Szczególne znaczenie miał tutaj intensywny rozwój narodowej tożsamości Serbów, ukształtowanej w toku bojów z Turkami i znajdującej odzwierciedlenie w autonomii, jaką uzyskali – Serbowie obawiali się także dominacji Chorwatów w ruchu iliryjskim.