W latach (1998-1999) delegatem KEP ds. kontaktów z Komisją był ks. prałat dr Marian Subocz.
W latach (1999-2005) delegatem KEP ds. kontaktów z Komisją był abp Henryk Muszyński, metropolita gnieźnieński, prymas Polski.
W latach (2008-2012) sekretarzem generalnym KEP był prof. Piotr Mazurkiewicz, polski politolog, socjolog, filozof, wykładowca w Instytucie Politologii Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego.
Struktura Biskupi, członkowie COMECE, spotykają się dwa razy w roku na Zgromadzeniach Ogólnych, których celem jest nadawanie zasadniczego kierunku ich pracy. W obradach bierze wówczas udział nuncjusz apostolski. Głównym tematem tych spotkań jest ocena procesu integracji europejskiej w okresie od ostatniego zgromadzenia plenarnego.
Komitet Wykonawczy (Zarząd) przewodniczący Mariano Crociata biskup Latina-Terracina-Sezze-Priverno wiceprzewodniczący Antoine Hérouard arcybiskup Dijon wiceprzewodniczący Nuno Brás biskup Funchal wiceprzewodniczący Rimantas Norvila biskup wiłkowyski wiceprzewodniczący Czesław Kozon biskup kopenhaski sekretarz generalny ks. Manuel Enrique Barrios Prieto