Sekretariat zapewnia kontynuację podjętych zadań COMECE. Siedziba sekretariatu mieści się w Brukseli (Belgia). Mała grupa zatrudnionych tam specjalistów obserwuje i analizuje rozwój w polityce Unii Europejskiej a wyniki swej pracy relacjonuje Zarządowi i Zgromadzeniu Ogólnemu.
Dotychczasowi przewodniczący 1982-1984 – Franz Hengsbach 1984-1990 – Jean Hengen 1990-1993 – Charles Brand 1993-2006 – Josef Homeyer 2006-2012 – Adrianus Herman van Luyn 2012-2018 – Reinhard Marx 2018-2023 – Jean-Claude Hollerich od 2023 – Mariano Crociata
Obszary pracy Komisja Konferencji Biskupów Unii Europejskiej działa w pięciu zasadniczych obszarach. W zakresie każdego mieszczą się konkretne aktywności w poszczególnych dziedzinach: Kościół, religia, Europa. Kościół katolicki w Europie Ekumenizm Dialog z innymi religiami Kościół i państwo w Europie Unia Europejska w świecie. Polityka zewnętrzna i bezpieczeństwa Polityka handlu i Globalny rząd Polityka rozwoju Europejski model społeczeństwa. Sprawy społeczne Społeczeństwo informacyjne Badania i bioetyka Edukacja i Młodzież Prawo i sprawiedliwość. Prawa człowieka Azyl i migracja Problemy prawne Relacje Kościół – państwo Przyszłość Unii Europejskiej Integracja Europejska Europeizacja Unii