Pierworodny Stefan Kanty Aleksander (1862–1864) i Jerzy Piotr (1863–1880) zmarli w dzieciństwie.
Dwóch było ziemianami: Aleksander Maria Dominik Szeptycki (1866–1940) Leon Józef Maria Szeptycki (1877–1939), mąż Jadwigi z Szembeków (1883–1939), również ziemianki, etnografki i archeologa amatora.
Jeden został wojskowym: Stanisław Maria Jan Szeptycki (1867–1950) – generał Armii Austro-Węgier i Wojska Polskiego.
Dwóch zostało zakonnikami: Roman Aleksander Maria Szeptycki (1865–1944), jako ojciec Andrzej, bazylianin, późniejszy greckokatolicki arcybiskup metropolita lwowski Kazimierz Maria Szeptycki (1869–1951), jako ojciec Klemens, ihumen zakonu studytów, błogosławiony, odznaczony medalem Sprawiedliwy wśród Narodów Świata.
W 1888 podróżowała do Rzymu, gdzie przebywał jej syn Roman. Została tam przyjęta przez papieża Leona XIII. Przebywała w Korczynie, w Krościenku i w Nowej Wsi. Zmarła 17 kwietnia 1904 i pochowana została w Przyłbicach.
Pierwsza biografia Zofii Szeptyckiej, opowiadająca o jej życiu, malarstwie i twórczości literackiej, ukazała się w języku ukraińskim. Jej autorem jest professor UMCS Ihor Nabytowycz (Ihor Nabytovych):