W trakcie kampanii wrześniowej U-18 pod dowództwem Kptlt. Bauera wraz z okrętami U-14 oraz U-22 został wykorzystany do blokowania Zatoki Gdańskiej. 22 sierpnia U-18 wypłynął z Kilonii i na środkowym Bałtyku pojawił się dzień później w ramach przygotowań do planu „Fall Weiß”, gdzie razem z U-14 i U-22 miał uczestniczyć w operacji „Transportübungen Lübeck” – opanowania Zatoki Gdańskiej. Ponieważ rozpoczęcie wojny przełożono z 26 sierpnia (z powodu podpisania 25 sierpnia polsko-brytyjskiego układu sojuszniczego) okręty zostały odwołane – wieczorem 25 sierpnia U-14, U-18 i U-22 otrzymały rozkaz wejścia do Kłajpedy.
Patrol 1 (30.08.1939 – 07.09.1939)
30 sierpnia U-18 wypłynął z Kłajpedy w kierunku Zatoki Gdańskiej. 2 września, o godzinie 1.52 z pokładu U-Boota dostrzeżono polski okręt podwodny idący kursem północnym. Był to ORP „Żbik” który prowadził ładowanie akumulatorów. Kptlt. Bauer postanowił zaczekać z atakiem do świtu, jednak polski okręt zanurzył się alarmowo po tym, gdy obserwatorzy na pomoście „Żbika” wykryli U-18 (który został przez nich błędnie zidentyfikowany jako trałowiec). 3 września, o godzinie 3.55 ponownie dostrzeżono polski okręt podwodny idący kursem wschodnim – najprawdopodobniej był to ORP „Sęp”. Kptlt. Bauer zanurzył U-Boota do ataku, jednak przez peryskop nie był w stanie dostrzec celu.