Jego panowanie było jednak krótkie – otaczanie się przez Despota (jak oficjalnie się tytułował) cudzoziemcami i protestantami, ograniczanie wpływów bojarów, próby nałożenia nowych podatków, a do tego konflikt z Olbrachtem Łaskim na tle zwrotu długu za pomoc wojskową, spowodowały bunt bojarów, w którego trakcie Heraklid został zamordowany. Następnie jego głowa została wysłana do sułtana do Konstantynopola.
W okresie swego panowania założył szkołę łacińską w Cotnari, która była odtąd ważnym ośrodkiem kultury zachodniej w Mołdawii. Zaczął też wybijać ze złota pierwszy mołdawski talar według zachodniego systemu monetarnego. Jego próby ograniczenia władzy bojarów poprzez sprowadzenie zachodnich doradców i obciążenie ludzi nowymi podatkami przyspieszyły jego upadek.
Objąwszy tron mołdawski, został pierwszym cudzoziemcem na tronie mołdawskim (w późniejszych czasach osadzanie na tronach mołdawskim i wołoskim cudzoziemców, zwłaszcza Greków, było stałą praktyką turecką).
Heraklid jest głównym bohaterem powieści Teodora Jeske-Choińskiego O mitrę hospodarską.